Nació el 19 de marzo de 1797 en Orleans, Loiret, Francia, en el seno de una familia de comerciantes pequeñoburgueses sin grandes recursos económicos.
Jean Marc creció en Orléans (a unos 120 kilómetros de París en dirección suroeste) donde asistió a la escuela.
En 1815 inició sus estudios en París, donde asistió a los cursos impartidos por el naturalista Jean Baptiste Lamarck (1744-1829).
Sin embargo, por razones no del todo conocidas, al finalizar sus estudios de medicina no llegó a completar su formación con el grado de doctor en medicina.
En lugar de ello, probablemente debido a falta de recursos para continuar financiando su carrera, se trasladó a Romilly-sur-Seine para emplearse en una fundición de cobre, donde se desempeñó hasta 1827 como funcionario encargado de salud (officier de santé).
Su trabajo en la empresa cuprífera lo acercó a la química, ciencia en la que adquirió conocimientos que más tarde le serían muy útiles para la producción del tratado en cuanto al tratamiento de los colores en las litografías.
Por estos años participó además de la fundación de una fábrica de sulfato de cobre.
A los 30 años decidió retomar el camino de la anatomía y la medicina y regresó a París.
El 27 de agosto de 1827 presentó y defendió su tesis doctoral y comenzó a hacer sus primeras publicaciones en anatomía y cirugía.
En 1830 comenzó a trabajar en Traité complet de l'anatomie de l'homme comprenant la médecine operatoire... una obra maestra sobre anatomía humana que se publicó en ocho volúmenes.
Bourgery trabajó en el atlas hasta su muerte en 1849, y el último volumen se publicó póstumamente.
El trabajo terminado contenía 2108 páginas de texto tamaño folio y 726 litografías coloreadas a mano. El trabajo ilustrativo fue realizado por Nicolas-Henri Jacob (1782-1871), quien fue alumno del famoso pintor Jacques-Louis David (1748-1825).
Los primeros cinco volúmenes tratan de la anatomía descriptiva. Los volúmenes seis y siete cubrieron la anatomía quirúrgica.
Y el último volumen discutió la anatomía general y filosófica.
Es considerada una de las obras anatómicas más completas y bellamente ilustradas jamás publicadas.
Aunque dedicó muchos años a la investigación en casi todas las ramas de la anatomía, nunca recibió en vida un reconocimiento académico oficial por su trabajo, a pesar de que este fuera profusamente utilizado en publicaciones científicas o con fines didácticos.
Postuló a diversos puestos académicos, pero aún gozando de la admiración de científicos destacados como Georges Cuvier, Mateo Orfila o Etienne Geoffroy Saint-Hilaire, no logró nunca incorporarse oficialmente a las instituciones académicas, ni ocupar entonces el lugar destacado que la historia de la medicina mucho más tarde le adjudicó.
Aparte su valor histórico, el Tratado es uno de los manuales de anatomía más completos, lo que unido a la belleza de sus ilustraciones hace que se le considere entre las obras magníficas de la anatomía, a la vez de ser un ejemplo clásico de la litografía en la historia de la impresión de imágenes.
Jean Marc Bourgery murió en Passy (la antigua comuna de Sena y Marne, que luego sería incorporada a París en 1860) en junio de 1849 y logró terminar el plan completo de su obra antes de morir, incluidas las reflexiones filosóficas del último tomo, aunque ellas no tuviesen el ambicioso alcance y repercusión pretendidos.
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