Estudió medicina en las universidades de Bonn, Wurzburgo y Berlín.
Allí se doctoró en 1869.
Como pediatra se ocupó de cuestiones de nutrición infantil, hizo campaña a favor de la creación de hogares infantiles y guarderías.
Es conocido por describir la mononucleosis infecciosa, una enfermedad infecciosa del tejido linfático inducida por el virus de Epstein-Barr que también lleva su nombre: enfermedad de Pfeiffer.
Emil Pfeiffer está considerado uno de los balneólogos alemanes más importantes. Se ocupó de forma exhaustiva y científica de las cualidades terapéuticas de diversas aguas minerales, sobre todo las de su ciudad natal.
Murió el 13 de julio de 1921 en su ciudad natal.
* Ciencia
