Nació en 1817 en Londres, Inglaterra. Su padre murió prematuramente, por eso el joven Clarke fue criado por su madre en Francia, donde se educó hasta los 13 años.
Al regresar a Inglaterra eligió la profesión médica, a la que pertenecían su hermano mayor y su abuelo, y estudió en los hospitales Guy y St. Thomas.
Habiendo obtenido el diploma de la Sociedad de Boticarios, comenzó a ejercer en Pimlico, viviendo con su madre.
Su primer artículo, 'Investigaciones sobre la estructura de la médula espinal', fue recibido por la Royal Society el 15 de octubre de 1850 y publicado en sus 'Transacciones' de 1851.
Fue ilustrado, como muchos de sus artículos posteriores, por dibujos extremadamente precisos y valiosos por él mismo, y estos han sido posteriormente reproducidos en numerosas obras.
Pocos hombres han realizado un trabajo tan original mientras se dedicaban a la práctica médica general, como sus sucesivos artículos en Transactions y Proceedings de la Royal Society; las transacciones 'Médico-Quirúrgicas', el 'Diario de la Sociedad Microscópica', 'Archives of Medicine' de Beale.
Recibió la medalla real de la Royal Society en 1861 y en 1867 fue elegido seguidor honorario del King and Queen's College of Physicians de Irlanda.
Al final de su vida asistió al Hospital St. George y se graduó como cirujano, más tarde obtuvo el título de médico en St. Andrews (1869), se convirtió en miembro del London College of Physicians (1871), y entró en la práctica de consultoría en enfermedades nerviosas.
Fue médico del Hospital de Epilepsia y Parálisis, ahora el Hospital Nacional de Enfermedades Neurológicas, Queen's Square, pero no adquirió una gran cantidad de práctica, probablemente debido a sus hábitos de jubilado y al no haber publicado ningún libro por el que el público pudiera juzgar su trabajo.
Murió el 25 de enero de 1880. Sufrió un ataque severo de pleuresía en 1870 y en 1879 su salud gradualmente comenzó a fallar. Fue atendido en su última enfermedad por Hughlings Jackson y Stephen Mackenzie.
El 'Lancet' lo describe como "un hombre de propósito único, de noble independencia y honestidad, totalmente libre de ambición, y falto de ese conocimiento del mundo necesario para abrirse camino en él".
Clarke fue el primero en establecer la ubicación del núcleo dorsal de la médula espinal y describir las columnas vesiculares posteriores.
El núcleo dorsal se conoce epónimamente como núcleo de Clarke y la columna vesicular posterior como columna de Clarke.
Describió el núcleo intermediolateralis y diferenciaba el núcleo cuneado medial del núcleo cuneado lateral.
Publicó numerosos ensayos sobre la anatomía y fisiología del bulbo raquídeo y la médula espinal. También ha publicado trabajos relacionados con estudios sobre tétanos , diabetes , paraplejía y atrofia muscular, una descripción temprana de la siringomielia, artículos clínicos sobre paroxismos histéricos, la epilepsia y el tratamiento de las neuralgias con yodo.
En 1867 fue elegido miembro honorario de la King's y el Queen's College of Physicians de Irlanda.
Lancet, Median Times y British Medical Journal
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