Nació en Barcelona, España, el 25 de marzo de 1884.
Hijo de José Antonio Barraquer Roviralta y Concepción Barraquer. Estudió medicina en la ciudad condal, donde se licenció en 1907.
Un año más tarde obtuvo el título de doctor con la tesis titulada Dacriocistitis.
Desde muy temprano, por razones familiares, vivió con interés la medicina y la oftalmología; asistía a las consultas de su padre e incluso le ayudaba en las operaciones quirúrgicas que realizaba.
Se formó en la Escuela de Artes y Oficios de Barcelona y llegó a ser un experto en mecánica y modelado.
En el Institut General Técnic de Barcelona aprendió física y química.
En el Laboratori Químic Farmacéutic, de Barcelona, estudió botánica.
Amplió también estudios en el extranjero, especialmente en París y Montpellier.
Llama la atención el hecho de que desarrollara una gran habilidad manual lo que, en cirugía, es de gran importancia.
En 1908 se doctora en Medicina con la máxima calificación.
Trabajó como médico auxiliar en el Dispensario de oftalmología de la Santa Creu y también como profesor en la cátedra que regentaba su padre, desde 1909 a 1918.
Un año después fue nombrado profesor honorario en el Instituto Rubio de Terapéutica Operatoria, de Madrid.
En 1917 revoluciona el mundo oftalmológico con la invención del erisífaco, un aparato productor del vacío regulable que facilitaba la extracción del cristalino. Da a conocer el procedimiento como facoéresis (del griego, phakós = lente, y erysis = arrancar).
En 1918 es nombrado catedrático de Oftalmología.
En 1928 organiza un servicio de oftalmología en el Hospital de la Santa Creu i Sant Pau.
En 1929 y 1939 presidió la Societat Catalana d'Oftalmologia.
En 1933 la Universidad lo nombró profesor libre de la Facultad de Medicina.
Finalizada la guerra civil organizó y también dirigió el Dispensario Oftalmológico de la Cruz Roja de Barcelona, hasta 1942.
En 1941 inaugura el Centro de Oftalmología Barraquer, primer centro monográfico de esta especialidad en España. El edificio es diseñado por él mismo junto con el arquitecto y diseñador Joaquín Lloret Homs y se convierte en emblema de Barcelona por su estilo Art Déco combinado con Bauhaus.
En 1947 funda junto a su esposa el Instituto Barraquer, una asociación científica independiente y autofinanciada dedicada a la investigación y enseñanza oftalmológica, al intercambio de ideas y descubrimientos científicos, a la divulgación de terapias médicas y quirúrgicas, y a la promoción general de la oftalmología. Actualmente, el Instituto está adscrito a la Universitat Autònoma de Barcelona (UAB).
Barraquer se casó en 1910 con Josefa Moner y tuvo 7 hijos, dos de los cuales siguieron los pasos de su padre en el terreno de la oftalmología.
Sentía una fuerte atracción por los animales; tanto que llegó a tener un pequeño zoológico en el jardín de su casa Torre Vilana en la Bonanova y, más tarde, en la avenida Pearson. Este hecho explica, quizás, su gran fascinación por los espectáculos de circo a los que acudía con cierta frecuencia. Otra de sus aficiones fue la decoración, que pudo desarrollar en el diseño de su clínica.
Murió en Barcelona el 13 de mayo de 1965 tras una larga afección hepática. Dejó dicho que le extrajesen las córneas para trasplantarlas, voluntad que llevó a cabo su hijo Joaquín.
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