Nació el 25 de octubre de 1825 en Odessa (Ucrania), hijo del escritor yiddish Israel Aksenfeld.
Después de dejar la escuela en Odessa, se fue a París a estudiar Medicina donde toma la nacionalidad.
Tuvo maestros a Jean Baptiste Bouillaud (1848), Stanislas Laugier (1851) y Gabriel Andral (1853-54).
Recibió su doctorado en medicina en la Sorbona con una tesis sobre "Des principaux accidents que s'observent à la suite de la trachéotomie, chez les enfants atteints de croup".
Durante las epidemias de cólera en París en 1849 y 1854, sus esfuerzos fueron recompensados con dos medallas. Después de convertirse en ciudadano francés, también recibió la medalla de oro del Servicio Social de Asistencia Pública de los Hospitales de París.
De 1859 a 1861, reemplazó a Léon Rostan en su servicio en el Hôtel-Dieu.
En 1862, fue médico de hospital en Saint-Antoine en 1863.
Se convirtió en médico jefe del hospital de Beaujon a partir de 1869.
En 1867 Axenfeld accedió a la cátedra de Patología médica (segunda cátedra) en sustitución de Jules Édouard Auguste Monneret (1810-1868).
Él mismo fue sustituido en sus cursos por Ernest Henri Lécorché (1830-1905) en 1872, François Damaschino (1840-1889) en 1873, Charles Alexis Fernet (1838-1919) en 1874, Jean Baptiste Duguet (1837-1914) en 1875 y Auguste Adrien Ollivier (1833-1894) en 1876.
Axenfeld fue bibliotecario de la Facultad de Medicina de París y bibliotecario adjunto en la Academia de Medicina.
Le fue concedido el Premio Châteauvillard en 1864 por un trabajo sobre las neurosis, en realidad la parte que había publicado en el libro de Requim.
A partir de 1872 comenzó a padecer trastornos cerebrales y murió en París el 25 de agosto de 1876, siendo enterrado en el cementerio de Montparnasse.
Alexandre Axenfeld es conocido por su "Tratado sobre neurosis" (1863) y sus históricas conferencias en la Facultad de Medicina, incluidas "Jean Wier et la sorcellerie" (1866).
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