Karl Ernst von Baer, en su totalidad Karl Ernst Ritter von Baer o Edler von Huthorn, nació el 29 de febrero de 1792 en Piep, Estonia, Imperio Ruso.
Embriólogo prusiano-estonio que descubrió el óvulo de los mamíferos y la notocorda y estableció la nueva ciencia de la embriología comparada junto con la anatomía comparada. También fue un pionero en geografía, etnología y antropología física .
Baer, uno de 10 hermanos, pasó su infancia con un tío y una tía antes de regresar a la edad de siete años con su propia familia. Sus padres, de ascendencia prusiana, eran primos hermanos.
Después de recibir clases particulares, Baer pasó tres años en una escuela para miembros de la nobleza. En 1810 ingresó en la universidad de Dorpat para estudiar medicina, recibiendo su título de médico en 1814.
Insatisfecho con su formación médica, Baer estudió en Alemania y Austria de 1814 a 1817.
El año crucial de su educación fue el año académico 1815-16, cuando su formación en anatomía comparada en la Universidad de Würzburg con Ignaz Döllinger le presentó un nuevo mundo que incluía el estudio de embriología .
En 1817 Baer comenzó su enseñanza en Königsberg (ahora Kaliningrado, Rusia), donde permaneció hasta 1834.
Aunque Döllinger había sugerido que Baer comenzara un estudio sobre el desarrollo de los pollitos, no pudo cubrir los gastos de compra de los huevos y pagar a un asistente para que vigilara las incubadoras. Este trabajo fue realizado en cambio por Christian, el amigo más rico de Baer.
Pander, quien en 1817 describió el desarrollo temprano del polluelo en términos de lo que ahora se conoce como primariocapas germinales, es decir, ectodermo, mesodermo y endodermo .
De 1819 a 1834, Baer dedicó la mayor parte de su tiempo a la embriología, extendiendo el concepto de Pander de la formación de la capa germinal a todos los vertebrados.
Al hacerlo, Baer sentó las bases de la embriología comparada. Hizo muchos descubrimientos técnicos importantes.
En 1827 describió su descubrimiento del óvulo de mamífero (huevo) en su "De Ovi Mammalium et Hominis Genesi" ("Sobre el huevo de mamífero y el origen del hombre"), estableciendo así que los mamíferos, incluidos los seres humanos, se desarrollan a partir de huevos.
Se opuso a la idea popular de que los embriones de una especie pasan por etapas comparables a los adultos de otras especies. En cambio, enfatizó que los embriones de una especie podrían parecerse a los embriones, pero no a los adultos de otra, y que cuanto más joven es el embrión, mayor es la semejanza. Esto estaba en consonancia con su idea epigenética, básica para la embriología de entonces, de que el desarrollo pasa de lo simple a lo complejo, de lo homogéneo a lo heterogéneo .
Uno de los libros más importantes de embriología es el de Baer; "Über Entwickelungsgeschichte der Thiere" (vol. 1, 1828; vol. 2, 1837; "Sobre el desarrollo de los animales"), en el que examinó todo el conocimiento existente sobre el desarrollo de los vertebrados y del que derivó sus conclusiones de gran alcance.
Identificó los pliegues neurales como precursores del sistema nervioso, descubrió la notocorda, describió las cinco vesículas cerebrales primarias y estudió las funciones de las membranas extraembrionarias. 
Este trabajo pionero estableció la embriología como un tema de investigación diferenciado, al menos en sus aspectos descriptivos. Marcó las principales líneas de estudio descriptivo y comparativo que debían realizarse antes de que pudiera surgir el enfoque moderno, el análisis causal del desarrollo.
En 1834 Baer se trasladó a San Petersburgo, Rusia, donde se convirtió en miembro de pleno derecho de la Academia de Ciencias; había sido miembro correspondiente desde 1826.
Sus primeros deberes fueron como bibliotecario de la división extranjera, pero finalmente sirvió en la academia en una variedad de puestos administrativos.
Se retiró de la membresía activa en 1862, pero continuó trabajando como miembro honorario hasta 1867.
Después de mudarse a Rusia, Baer abandonó la embriología.
Particularmente interesado en el norte de Rusia, se convirtió en un explorador; fue el primer naturalista en recolectar especímenes de Novaya Zemlya, que entonces estaba deshabitada. Durante sus extensos viajes por Rusia, Baer desarrolló un gran interés científico y práctico en sus pesquerías.
Hizo importantes descubrimientos en geografía, incluido uno relacionado con la naturaleza de las fuerzas responsables de la configuración de las riberas de los ríos en Rusia.
Los viajes de Baer también aumentaron su interés de larga data en etnografía.
Contribuyó con la Academia de San Petersburgo estableciendo una extensa colección de cráneos.
Como resultado de su interés en las medidas del cráneo, convocó a una reunión de craneólogos en Alemania en 1861, que condujo al establecimiento de la Sociedad Antropológica Alemana y a la fundación de la revista Archiv für Anthropologie.
También fue responsable de la fundación de la Sociedad Geográfica Rusa y la Sociedad Entomológica Rusa, de la que fue el primer presidente.
En sus primeros días como embriólogo, Baer había comenzado a considerar posibles relaciones, en términos de parentesco, entre animales.
En 1859, el año en que apareció "El origen de las especies" de Charles Darwin, Baer publicó un trabajo sobre cráneos humanos que sugería que distintas existencias podrían haberse originado a partir de una forma; las ideas de los dos hombres se formularon de forma completamente independiente.
Baer, sin embargo, no se adhirió firmemente a la doctrina de la transformación (el término predarwiniano paraevolución).
Aunque creía que algunos animales muy similares, como cabras y antílopes, podrían estar relacionados, se oponía con vehemencia al concepto expresado en el "Origen de las especies" de que todas las criaturas vivientes podrían haber evolucionado a partir de uno o unos pocos antepasados comunes.
En sus escritos filosóficos, y todos sus escritos embriológicos eran filosóficos hasta cierto punto, Baer veía la naturaleza como un todo, aunque no en términos de la teoría evolutiva moderna.
Vio el desarrollo de los organismos y del cosmos bajo la misma luz y su visión global del universo reunió lo que de otra manera podría haber parecido hilos divergentes en su pensamiento.
Después de regresar a Dorpat, von Baer murió el 28 de noviembre de 1876 en Tartu, Estonia.
Baer recibió muchos honores durante su vida. Una isla en el norte de Rusia recibió su nombre; y en 1864 los Caballeros de Estonia celebraron para él las bodas de oro de su doctorado.
También publicaron su autobiografía, que fue especialmente preparada para ese evento.
En 1872 se le dedicó el Volumen 5 del Archiv fur Anthropologie.
Fue galardonado con la medalla Copley por la Royal Society y también recibió una medalla de la Academia de París.
Alexander von Humboldt le trajo personalmente la medalla de París, para deleite de Baer.
En 1849, Baer fue elegido honorario extranjero de la Academia Estadounidense de Artes y Ciencias. Fue elegido miembro extranjero de la Real Academia Sueca de Ciencias en 1850.
Fue presidente de la Sociedad de Naturalistas de Estonia en 1869-1876, y fue cofundador y primer presidente de la Sociedad Entomológica Rusa.
En 1875, se convirtió en miembro extranjero de la Real Academia de Artes y Ciencias de los Países Bajos.
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