Cirujano británico, nació en Newcastle Upon Tine en 1838.
Realizó la primera reparación del menisco, la primera extirpación exitosa de un neuroma acústico e introdujo el enfoque preperitoneal para la reparación de la hernia inguinal.
Su padre también fue cirujano.
Fue educado en la Bruce's Academy en Newcastle y luego aprendiz de su padre.
Continuó sus estudios médicos en Newcastle Infirmary, se matriculó en 1856 en la Escuela de Medicina de la Universidad de Edimburgo, y se graduó de MD en 1860 con los más altos honores, ganando la medalla de oro por su tesis sobre ''Las Heridas y Enfermedades de la articulación de la cadera".
Fue asistente privado de James Syme (1799-1870).
En 1863 fue admitido como miembro del Royal College of Surgeons de Edimburgo y se convirtió en demostrador junior de anatomía en la universidad bajo John Goodsir y en 1859 de la de Inglaterra.
En 1864 ganó el premio Jacksonian por su disertación sobre "The malformations, diseases and injuries of the fingers and toes, with their surgical treatment (Edimburgo 1865)".
Nombrado cirujano asistente de la Royal Infirmary en Edimburgo en 1865, y cirujano actuante allí en 1871, Annandale se convirtió en profesor de cirugía clínica en la Universidad de Edimburgo en 1877, sucediendo a Joseph Lister. 
Se convirtió en DCL honorario de Durban en 1902, en 1900 cirujano general de Life-Archers de la Royal Scottish Life Guard, un cuerpo al que había pertenecido desde 1870.
Su hijo mayor fue un famoso zoólogo.
En sus últimos años, Annandale aparece viviendo en el 31 Charlotte Square, una de las direcciones más prestigiosas de Edimburgo.
El 5 de julio de 1877, Annandale realizó la primer orquiopexia exitosa en la historia médica: trató a un paciente anciano con dolor en el perineo causado por un desplazamiento del testículo, restaurándolo a su posición natural y correcta enel escroto.
Fue encontrado muerto en su cama en su casa de Edimburgo, el 20 de diciembre de 1907, habiendo operado como de costumbre en la Royal Infirmary el día anterior. Fue enterrado en el cementerio Dean en el oeste de Edimburgo.
La tumba se encuentra en la sección norte, adosada a la pared divisoria del cementerio original.
En 1908, el Journal of the American Medical Associación celebró su destacada carrera y vida describiendolo como ''uno de los cirujanos más notables asociados con la escuela de Edimburgo; un líder entusiasta en todos los momentos por el bien de los estudiantes"'; se consideraba que tenía ''un ingenio listo, un agudo sentido del humor'', y ser ''un cirujano experto y un conferenciante placentero escuchar".
Publicaciones en revistas profesionales:
Surgical Appliances and Minor Operative Surgery, 1866.
Abstracts of Surgical Principles, 6 pts. 1868–70 (3rd ed 1878).
Observations and Cases in Surgery, 1875.
On the Pathology and Operative Treatment of Hip Disease, 1876
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