Nació el 21 de abril de 1831 en Honfleur, departamento de Calvados, Basse-Normandie y murió el 15 de mayo de 1909.
Hijo de un funcionario de aduanas francés que se mudó de Givet a Marsella y luego a Orleans. Después de un estudio notablemente exitoso en París con Jean Baptiste Barth (1806-1877) y Pierre Antoine Ernest Bazin (1807-1878), recibió su doctorado en 1857.
En 1863 se convirtió en médecin des hôpitaux.
En 1873 sucedió a Pierre-Antoine-Ernest Bazin (1807-1878) como dermatólogo en el Hôpital Saint Louis, donde más tarde ese mismo año fue nombrado director.
Construyó laboratorios de histopatología y parasitología en el hospital, y se le atribuye el origen del término biopsia para muestras de tejido.
En 1889 demostró ser una descripción temprana de las lesiones cutáneas asociadas con la sarcoidosis, introduciendo el nombre de " lupus pernio ".
Con Pierre Adolphe Adrien Doyon (1827-1907), fundó la revista médica Annales de dermatologie et de syphiligraphie.
Besnier intentó equilibrar las diferencias entre los enfoques francés y vienés de la medicina dermatológica, y en 1881 con Doyon, tradujo el famoso libro de Moritz Kaposi sobre enfermedades de la piel (Pathologie und Therapie der Hautkrankheiten in Vorlesungen für praktische Ärzte und Studirende) del alemán al francés (Leçons sur les maladies de la peau).
Con Louis-Anne-Jean Brocq y Lucien Jacquet, publicó una enciclopedia de dermatología en cuatro volúmenes, titulada "La pratique dermatologique" (1900-04).
El prurigo epónimo de Besnier recibe su nombre de un trastorno de la piel que a menudo sigue a la dermatitis atópica infantil.
Construyó laboratorios de histopatología y parasitología en el hospital St. Louis.
En 1881 fue elegido miembro de la Academia de Medicina como higienista por sus contribuciones a la epidemiología.
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