Nació el 5 de enero de 1909 en Munich, Alemania.
Se crió en una familia de noble pedigrí que estaba comprometida con la búsqueda del conocimiento científico. Su abuelo, Johann Friedrich Wilhelm Adolf von Baeyer, recibió el Premio Nobel de Química en 1905 y su padre, Hans Ritter von Baeyer, fue profesor de cirugía ortopédica en la Universidad de Heidelberg en el suroeste de Alemania.
Después de obtener su título de médico en 1932, von Baeyer estudió radiología en Colonia y Hamburgo.
Emigró a los Estados Unidos en 1938.
Al establecerse en Cleveland, von Baeyer completó su formación en radiología en el Hospital de la Ciudad de Cleveland y en los Hospitales Universitarios de Cleveland.
En 1941, estableció el departamento de radiología diagnóstica y terapéutica en el Fairview Park Hospital.
Luego se desempeñó como director de radiología en Fairview durante cuatro décadas y como radiólogo senior en sus últimos años.
Un radiólogo muy respetado, von Baeyer fue presidente de la Sociedad Radiológica de Cleveland en 1957 y se convirtió en miembro del Colegio Americano de Radiología en 1968.
A lo largo de su larga vida en Cleveland, Eric von Baeyer mostró un gran interés por las artes. Además de sus elogios profesionales, fue un excelente pintor y un consumado violonchelista.
Durante sus días de formación médica en Cleveland, von Baeyer complementó los ingresos familiares pintando retratos. La casa de von Baeyer se llenaba regularmente de los encantadores sonidos de la música de cámara, cortesía de von Baeyer en el violonchelo y sus amigos músicos de la Orquesta de Cleveland. Fue uno de los miembros fundadores del Cleveland Chamber Music Society en 1949.
A fines de la década de 1980, von Baeyer se casó con su compañera de toda la vida, Ruth Hirshman, pero no tuvieron hijos.
Murió el 2 de febrero de 1990.
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