Gruber nació en Krukanice, un pequeño pueblo cerca de Pilsen, Bohemia, el 24 de diciembre de 1814.
Recibió su primera educación en una institución eclesiástica cerca de Marienbad y luego asistió al Gymnasium.
Fue prosector de anatomía normal en la Universidad de Praga en 1842-1847, primero con Joseph Hyrtl (1810-1894) y luego con Vincenz Alexander Bochdalek (1801-1883).
Aunque calificado, no pudo lograr una cátedra en su país natal. Por lo tanto, en 1846, por iniciativa de Pirogov, fue invitado a convertirse en el primer prosector de anatomía normal, práctica y patológica en la Academia de Medicina de San Petersburgo.
En 1847 fue elegido miembro de la Academia de Ciencias Leopoldina.
A partir de 1855, a Gruber se le confió la dirección de anatomía práctica, cargo que ocupó durante unos 30 años.
Murió el 30 de septiembre de 1890 de un derrame cerebral en Viena.
Gruber jugó un papel activo en el establecimiento del Instituto anatómico-fisiológico en Petersburgo y fundó aquí un museo.
Como uno de los anatomistas más experimentados y activos, Gruber publicó, durante un período de 41 años, casi 500 trabajos científicos.
Gruber logró establecer lecciones de anatomía científicamente impulsadas en Rusia contra una enorme resistencia. Pudo utilizar la gran cantidad de cadáveres humanos disponibles para sus investigaciones para encontrar detalles importantes, variaciones y desviaciones patológicas. Gruber, quien recibió muchos premios y honores, fue considerado como el mejor experto en esta área en particular.
Gruber escribió la primera mención registrada del foramen lacerum.
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