Era hijo del médico Karl Friedrich Heineke (1798–1857).
Estudió en las universidades de Göttingen, Berlín, Leipzig y Greifswald, donde fue alumno y asistente de Heinrich Adolf von Bardeleben (1819–1895).
En Greifswald obtuvo su doctorado en 1858 y su habilitación para la cirugía en 1863.
De 1867 a 1901 fue profesor de cirugía en la Universidad de Erlangen. Permaneció allí hasta su muerte, el 28 de abril de 1901.
Con el cirujano polaco Jan Mikulicz-Radecki (1850-1905), se nombra la epónimo "piloroplastia de Heineke-Mikulicz", que es un procedimiento quirúrgico que implica el agrandamiento de la estenosis pilórica.
Heineke fue el autor del "Compendium der Operations-und Verbandlehre" (Compendio de instrucciones de operaciones y vestimenta), obra que se publicó en tres ediciones (1871, 1874 y 1885).
Su "Chirurgische Krankheiten des Kopfes" se incluyó en el "Handbuch der allgemeinen und speciellen Chirurgie" de Pitha y Billroth (1873, Volumen III-1/1/2).
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