Nació el 20 de octubre de 1839 en Andover, Hampshire, Inglaterra.
En 1858 ingresa a la Escuela de Medicina del Hospital de San Bartolomé.
En 1861 es Residente en partería y asistente del Dr. West, en cuya renuncia, Baker fue puesto a cargo temporal del Departamento de Maternidad.
En 1862 consigue ser Asistente de Sir James Paget (1814-1899) en la práctica privada.
En el 1865 Baker es prolífico. Es Demostrador de anatomía y fisiología en San Bartolomé, Miembro de la Real Sociedad Médica y Quirúrgica y Miembro de la Sociedad de Patología de Londres.
Las conferencias sobre fisiología que dió en la Escuela de Medicina del Hospital St Bartholomew fueron publicadas en las ediciones 6 a 13 de Kirke's Physiology.
Entre los años 1869-1885 es Profesor de fisiología y anatomía general.
En 1882 trabaja como Cirujano titular en el Hospital de San Bartolomé.
Renuncia a la práctica quirúrgica por mala salud (ataxia locomotora) en 1892.
Es Gobernador electo del Hospital de San Bartolomé.
Murió el 3 de diciembre de 1896 en Nutbourne Manor, Sussex. Inglaterra.
Baker introdujo la práctica de quitar la lengua en dos mitades (generalmente se realiza dividiendo el órgano longitudinalmente y luego quitando cada mitad con un écraseur ).
En 1860 inventó la lámpara de lectura: el "quemador dúplex". Una barra de metal ubicada dentro del eje largo de la llama, justo encima del quemador, dividía la llama que ardía de manera más eficiente y proporcionaba un mayor poder de iluminación.
En 1873, bajo el título Erythema Serpens, Baker publicó la primera descripción de la enfermedad de Rosenbach (erisipeloide), una afección ocupacional de la piel secundaria a la infección por Erysipelothrix rhusiopathiae.
Escribió varios artículos sobre problemas de huesos y articulaciones.
Se le consideró un experto en cirugía renal, especialmente en nefrolitomía.
Primero describió el problema de la articulación de la rodilla: el quiste de Baker, que lleva su nombre, al igual que la cánula de Baker, una cánula traqueal flexible y la enfermedad de Baker, un defecto de los ligamentos periarticulares.
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