Franz Bernhard Hubert Bardenheuer nació el 12 de julio de 1839 en Lamersdorf (Renania del Norte-Westfalia) y murió el 13 de agosto de 1913 en la misma ciudad.
Estudió medicina en Würzburg y Berlín, obteniendo su doctorado en Berlín en 1864.
Durante este período estuvo particularmente influenciado por Bernhard von Langenbeck (1810-1887), en cuya clínica solía realizar trabajos prácticos.
En 1865, después de terminar el examen estatal y su tesis doctoral, comenzó a trabajar como médico asistente con Karl Busch (1836-1881) en la clínica quirúrgica de la Universidad Rhenisch Friedrich-Wilhelm en Bonn.
Los principales profesores científicos de Bardenheuer fueron Langenbeck y Simon.
Juntos realizaron operaciones quirúrgicas y ginecológicas. 
2 de agosto de 1869, en el antiguo quirófano de la clínica quirúrgica de Heidelberg, Bardenheuer asistió, junto con Heinrich Braun (1847-1911), a la primera nefrectomía del mundo indicada y planificada sobre la base de criterios científicos. Bardenheuer fue considerado un cirujano audaz.
Durante los años 1869 y 1870, Bardenheuer viajó al extranjero para continuar sus estudios en los centros quirúrgicos mundiales de aquellos días: Londres, París y Viena.
Quedó especialmente impresionado por Bartholomaeus Spencer-Wells (1835-1897), quien introdujo la ovariotomía en la cirugía, una operación que Bardenheuer realizó más tarde con éxito en Colonia por primera vez.
Durante su estancia en Viena, Bardenheuer fue cirujano principal en la estación quirúrgica del Hospital Militar Garrison.
Al regresar a Heidelberg, Bardenheuer estuvo a cargo de la enfermería en la guarnición allí durante la guerra franco-prusiana de 1870/1871.
Sucedió a Otto Fischer en 1874 como cirujano jefe en el Bürgerhospital de Colonia, desde 1884 profesor y desde 1904 hasta 1907 director de la Academia de Medicina Práctica. De 1891 a 1902 su asistente y representante fue Albert Plücker (1864-1945).
Desarrolló importantes conceptos de estiramiento (extensión de Bardenheuer) y abrió nuevos caminos en el tratamiento de fracturas (soporte pélvico de Bardenheuer).
Bardenheuer introdujo numerosos métodos quirúrgicos que llevan su nombre (corte del arco de Bardenheuer, cuidado del muñón del nervio de Bardenheuer, método de Bardheuer-Ravitch, operación de Bardheuer).
También enriqueció la urología con importantes contenidos. El 13 de enero de 1887 realizó la primera cistectomía total .
El hijo de Bernhard Bardenheuer, Hubert Bardenheuer, trabajó como colega de Ferdinand Sauerbruch en la Clínica Universitaria de Breslau y más tarde se convirtió en jefe del hospital quirúrgico de Deutz am Rhein.
La importante colección de libros médicos de Bardenheuer comprendía alrededor de 10.000 volúmenes y estuvo en la biblioteca del Hospital Ciudadano de Colonia hasta 1933 y fue asumida por la Biblioteca de la Universidad y la Ciudad de Colonia como parte de una donación.
Hoy es una parte históricamente importante de la Biblioteca Central Alemana de Medicina en Colonia.
En 1913, el año de su muerte, una calle de Colonia-Lindenthal cerca de las clínicas universitarias fue nombrada en Bernhard-Bardenheuer-Straße, más tarde en Bardenheuerstraße.
Fue presidente de la Sociedad Alemana de Ortopedia y Cirugía Ortopédica (1907).
Miembro honorífico de la Sociedad Alemana de Ortopedia y Cirugía Ortopédica (1910).
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