Nació el 5 de marzo de 1794 en Londres; hijo del médico y mineralogista William Babington (1756–1833) y su esposa, Martha Elizabeth (de soltera Hough) Babington.
Estudió medicina en el Guy's Hospital y Cambridge, recibiendo su doctorado en 1831.
Obtuvo un conocimiento tan profundo de las lenguas orientales y el sánscrito, que ya a la edad de veinte años pudo publicar la primera gramática del idioma indio Tanul.
Luego se convirtió en médico asistente en Guy's, pero renunció después de un desacuerdo en 1855. Durante su carrera, inventó varios instrumentos médicos (incluido el primer laringoscopio) y técnicas.
Se convirtió en miembro del Royal College of Physicians.
Fue elegido miembro de la Royal Asiatic Society de Gran Bretaña e Irlanda en marzo de 1828.
Entre 1834-1836 fue presidente de la Hunterian Society.
Fue censor y profesor crooniano (1841) en el Royal College of Physicians.
En 1850 fue elegido presidente fundador de la Sociedad Epidemiológica de Londres.
En 1853-1855 fue presidente de la Sociedad Patológica de Londres y en 1863 también fue presidente de la Real Sociedad Médica y Quirúrgica.
Babington murió el 8 de abril de 1866 en Londres.
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