El Dr. Babkin nació en Kursk, Rusia, el 5 de enero de 1877, hijo de un Oficial del Ejército.
Hay poca información disponible de su niñez, excepto que en la escuela secundaria en San Petersburgo su principal interés era la historia y la música.
Después de muchas dudas, eligió en 1896 una carrera en medicina (Fisiología) en lugar de la música y en 1898 ingresa a la Academia Médica Militar de San Petersburgo, Rusia.
Se gradúa allí de médico en 1904.
No se sintió atraído por la práctica clínica y después de algunas dudas sobre si continuaría en historia o en ciencias básicas de medicina, ingresó al laboratorio del profesor Ivan Petrovich Pavlov.
Aunque mantuvo un interés en la historia, en el apasionante entorno de Pavlov se comprometió por completo con la fisiología del sistema gastrointestinal. 
Aunque Pavlov conoció el interés declarado de Babkin por la historia médica, que consideraba puramente académica, con un desprecio bastante vehemente, accedió a permitir que el joven Babkin se uniera a su laboratorio.
En 1912, Babkin fue nombrado Presidente de Fisiología Animal en el Instituto Agrícola de Novo Alexandria.
Avanzó rápidamente en Rusia y fue profesor de fisiología en la Universidad de Odessa.
En 1922, se mostró crítico con la revolución bolchevique y, tras un breve encarcelamiento, se le ordenó que abandonara Rusia.
Fue invitado con su familia por el profesor EH Starling (el descubridor de la secretina) a su departamento en el University College de Londres, Inglaterra.
Dos años más tarde, se le ofreció una cátedra en Canadá en la Universidad de Dalhousie, Halifax, Nueva Escocia.
Después de contribuir allí durante cuatro años, se unió a la Universidad McGill, Montreal, Quebec, en 1928 como profesor de investigación. Permaneció allí por el resto de su carrera.
Entre 1940 y 1941 presidió el Departamento y, tras su jubilación, permaneció como profesor investigador.
Por invitación del neurocirujano de fama mundial, Wilder Penfield, el Dr. Babkin continuó como investigador en el Departamento de Neurocirugía hasta su muerte.
Sus principales logros se relacionaron con el establecimiento del concepto de interacción cerebro-intestino-cerebro y la influencia de este en la motilidad, así como en la interfaz de múltiples células, nervios y hormonas diferentes en la función secretora.
Tuvo un papel importante en el redescubrimiento de la gastrina.
Estableció una famosa escuela de fisiólogos gastrointestinales en la Universidad McGill. Apoyó a sus aprendices y les ayudó a establecer sus carreras.
Recibió muchos honores: un DSc en Londres, Inglaterra, y un LLD de la Universidad de Dalhousie. Lo más importante es que recibió la Medalla Friedenwald de la Asociación Estadounidense de Gastroenterología por sus contribuciones de por vida al campo.
Premios: Miembro de la Royal Society de Inglaterra.
El legado que dejó fue el aspecto filosófico de abordar la fisiología, su devoción por sus discípulos y su bondad general.
Murió el 3 de mayo de 1950 en Canadá.
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