Hijo mayor de William Aitken, médico de Dundee, nació allí el 23 de abril de 1825.
Después de haber recibido su educación general en la escuela secundaria , fue aprendiz de su padre, y al mismo tiempo, asistió a la práctica de la Dundee Royal Infirmary.
En 1842, se matriculó en la Universidad de Edimburgo y en 1848 se graduó MD, obteniendo una medalla de oro por su tesis "Sobre derrames inflamatorios de los pulmones, modificados por fiebres contagiosas".
En octubre del mismo año fue nombrado Profesor de anatomía en la Universidad de Glasgow , en Allen Thomson, y también patólogo de la enfermería real, puestos que ocupó hasta 1855.
En ese año fue enviado a la guerra de Crimea con el Dr. Robert SD Lyons como asistente patólogo en la comisión designada para investigar las enfermedades que las tropas sufrían.
En 1860, fue seleccionado para el puesto de profesor de patología en la Escuela de Medicina del ejército recientemente constituido en Fort Pitt , Chatham, que se retiró después a Isetley.
Este nombramiento ocupó hasta abril de 1892, cuando problemas de salud obligan su retiro, y muere el 25 de junio del mismo año.
Fue elegido miembro de la Royal Society en 1873, y fue nombrado Caballero en el jubileo de 1887.
Al año siguiente, recibe los grados honorarios de Doctor en Derecho de las universidades de Edimburgo y Glasgow.
Se casó en 1884 con Emily Clara, hija de Henry Allen, que le sobrevivió.
Su retrato hecho por Symonds está en el Hospital de Netley.
Sus trabajos incluyen:
"Manual de la ciencia y práctica de la medicina" 1857, séptima edición. 1880.
"Un ensayo sobre el crecimiento de reclutas y jovenes soldados"segunda edición. 1887.
"Catálogo del Museo Patológico en el Hospital de Netley". (sin terminar)
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