Nació el 17 de febrero de 1851 en Augsburgo, Suabia, Alemania y falleció el 13 de octubre de 1921 (70 años) en Würzburg, Baja Franconia, Alemania.
En 1876 recibió su doctorado en Munich, donde en 1880 comenzó a trabajar como asistente en el instituto de anatomía.
Al año siguiente, fue nombrado profesor de la Königliche Centraltierarzneischule de Munich.
En 1889 se convirtió en profesor asociado en la Universidad de Würzburg, y dos años más tarde fue nombrado profesor titular de anatomía y director del instituto anatómico de Giessen.
Más adelante en su carrera, se desempeñó como profesor en las universidades de Greifswald (desde 1895) y Bonn (desde 1907).
Bonnet fue autor de muchos trabajos científicos, incluidos numerosos estudios relacionados con la anatomía y embriología de animales domésticos.
Fue coeditor de Ergebnisse der Anatomie und Entwicklungsgeschichte (Resultados sobre anatomía y desarrollo histórico) y colaboró con Friedrich Sigmund Merkel (1845-1919) en Anatomische Hefte (Libros anatómicos).
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